Sınıflandırmada ilk ele alınan bitki buğdaydır. Sınıflandırmada önce başak özellikleri dikkate alınmıştır. Kılçıklılık, kılçıksızlık, kavuz rengi, dane rengi ele alınan ilk kriterler olmuştur. Daha sonraları başak sıklığı buğdayların sınıflandırılmasında rol oynamıştır. Rusya taksonomistleri buğdayları sınıflandırmak için ekotipler ve biyotipler üzerinde durmuşlardır. Ekotip ve biyotiplerin sınıflandırılması morfolojik karakterlere göre olmuştur. Stoloji alanındaki ilerlemeler sonucu, buğdayların sınıflandırılması kromozom sayılarına göre yapılmaya başlamıştır. Kromozom sayıları sonucu buğdayların genom sayıları ve genom formülleri üzerinde durulmuştur. Kromozom sayıları ve genom formüllerine göre yapılan sınıflandırmalarda buğdaylar üç gruba ayrılır:
Diploid grup (AA)= kaplıca grubu Tetraploid grup (AABB) = makarnalık buğdaylar grubu Hekzaploid grup (AABBDD) = ekmeklik buğdaylar grubu Her grubun da yabani formları, kavuzlu ve çıplak kültür formları vardır.
Tür ve alttür üzerindeki çalışmalar sonucunda tetraploid ve hekzaploid gruptaki bütün buğdaylar tek tür altında toplanmıştır. Daha önce tür kabul edilen buğdaylar ise çeşit grupları haline sokulmuştur.
Son olarak kromozom sayılarına göre buğdaylar, diploid ve alloploid olarak iki grupta toplanmıştır. Diploid buğdayların en önemlisi Triticum monococcum’dur. Alloploid buğdaylardan 2n= kromozomlu Triticum aestivum en önemli türleridir.